Uno degli elementi più affascinanti di Cortona sono i suoi luoghi sacri.Le numerose e monumentali chiese, gli antichi conventi, il paesaggio armonioso e mistico, i personaggi che vi hanno dimorato, fanno di Cortona una meta ideale per coloro che cercano stimoli spirituali e di profonda meditazione.

L’Eremo della Celle , fatto costruire da San Francesco d’Assisi (1211) in mezzo ad un bosco di cipressi e conifere, immerso nel silenzio rotto solo dal rimore delle acque di un torrentello che lo attraversa, addossato al fianco del Monte S.Egidio, è costituito da piccole costruzioni in pietra, dove si possono visitare la misera e disadorna cella che ospitò, oltre al Santo, anche Frate Elia da Cortona, S. Bonaventura e S. Antonio di Padova. L’insieme consente al visitatore di accostarsi con emozione e raccoglimento ai luoghi dell’anima francescana. Si raggiunge percorrendo la strada Provinciale lungo le mura etrusche in direzione del Torreone.

La Basilica, Santuario di Santa Margherita, posta quasi sulla sommità del colle, custodisce al suo interno il corpo della Santa visibile sull’altare maggiore. Dal Piazzale antistante è possibile godere di un panorama unico ed è possibile raggiungere a piedi, poco sopra, la Fortezza Medicea del Girifalco , luogo di esposizione di arte contemporanea che occupa l’apice della collina.

La Chiesa di San Francesco, situata all’interno della città, fu iniziata nel 1245, di stile gotico, con un grande rosone nella facciata e snelle bifore sui fianchi e sulle absidi. Al suo interno è possibile ammirare oltre alla Croce Santa, portata da Frate Elia da Costantinopoli, la tonaca, l’evangelario manoscritto e il cuscino, appartenuti a San Francesco. Nel terzo altare del lato sinistro,“L’Annunciazione” ultima opera del pittore cortonese Pietro Berrettini (Pietro da Cortona 1597-1669).

La Chiesa di San Niccolò, costruita agli inizi del XV secolo con elegante portico nella facciata e nel fianco sinistro, sorge in un luogo circondato da cipressi. Al suo interno è possibile ammirare lo stendardo della compagnia di “San Nicolò” e un dipinto su tavola di Vergine con bambino, di Luca Signorelli.

La Chiesa di Santa Maria delle Grazie al Calcinaio, la sua costruzione risale al 1485-1513. E’ opera dell’architetto Francesco di Giorgio Martini, in stile rinascimentale, a croce latina, con una bellissima cupola che slancia moltissimo tutta la costruzione. Era la chiesa della corporazione dei calzolari che avevano in quel sito le loro vasche di calce per la concia delle pelli. Sul rosone centrale in facciata, un vetro del Marcillat raffigurante la Madonna con ai piedi il papa Leone X, l’imperatore Massimiliano I ed il vescovo di Cortona cardinale Soderini.

La Chiesa di Santa Maria Nuova, la bellissima chiesa a croce greca, verso la fine del 1500, sorse, su disegno del Cristofanello, con tre facciate uguali. La cupola è stata edificata posteriormente. L’altare Maggiore è del cortonese Radi. La vetrata del rosone della facciata è di Urbano Urbani e rappresenta l’adorazione dei Magi.

La Chiesa di Santa Maria Assunta -Duomo, è stata edificata sulle rovine dell’antica Pieve costruita agli albori della cristianità sulle fondamenta di un tempio pagano. Risale alla metà del XIV secolo e fu subito dichiarata Cattedrale diocesana. I due portali (centrale e laterale) si ritengono opera del Cristofanello (XVI secolo). L’altare maggiore opera di F. Mazzuoli e il campanile di F. Laparelli.

La Chiesa dello Spirito Santo, sorge fuori delle mura, fu edificata tra il 1637 e il 1669 su disegno di Filippo Berrettini. La cupola e la facciata furono terminate nel 1751. La pianta è a croce latina. L’altare Maggiore opera del Fabbrucci (1687-1767); dello stesso sono il decoro e le statue lignee della Fede e della Carità.